144 papers
Dit onderzoek gebruikt een robuust geautomatiseerd platform en machine learning op gistcellen om een ruimtelijk-temporeel proteoom-atlas te creëren die aantoont dat de afbraak van de cel tijdens veroudering wordt gedreven door structurele determinanten die de herschikking van eiwitten bepalen.
Dit onderzoek gebruikt single-cell ruimtelijke proteomica in gist om te onthullen dat veroudering wordt gekenmerkt door een hiërarchische opeenvolging van celulaire storingen, waarbij nucleolaire disorganisatie, proteostase-verlies en mitochondriale disfunctie leiden tot ruimtelijke desorganisatie van eiwitten die ook bij menselijke veroudering voorkomen.
Deze studie toont aan dat vitamine D-suppletie, vooral in hoge doses, de door vapes veroorzaakte ontstekings- en stollingsstoornissen bij ratten kan verminderen en mogelijk de nicotineafhankelijkheid verlaagt.
Deze studie bij harttransplantatiepatiënten toont aan dat een hogere ontvangerleeftijd geassocieerd is met een verlaagde kans op afstoting, wat samenhangt met veranderingen in immuuncel-samenstelling en transcriptomische kenmerken van immunosenescentie die een gepersonaliseerde immunosuppressie ondersteunen.
Deze paper introduceert CellSwarm, een raamwerk waarbij door grote taalmodellen aangedreven autonome cellen het tumormicro-omgevingssimulatievermogen van hand-geschreven regels evenaren en uitbreiden met mogelijkheden tot kankeroverstijgende generalisatie, klinisch onderbouwde behandelingsvoorspelling en het waarnemen van indirecte genetische verstoringen.
Deze studie toont aan dat co-activatie van NF-κB door ontstekingsfactoren de transcriptie van p53 verhoogt, wat leidt tot een aanhoudende in plaats van oscillatoire p53-accumulatie en hierdoor de DNA-reparatie na genotoxische stress belemmert.
Dit artikel introduceert de Web of Microbes Agent, een autonoom systeem dat een Bayesiaanse ranking-modellering combineert met een groeimodel en een groot taalmodel om bacteriële substraatvoorkeuren te voorspellen, nieuwe experimenten te ontwerpen en microbiële groei te sturen.
Dit onderzoek toont aan dat geïntegreerde transcriptomische en lipidomische analyses onthullen dat een specifieke herschikking van fosfatidylinositol-profielen, gedreven door genregulatienetwerken, essentieel is voor de differentiatie van colonocyten en dat het verlies van dit lipidenremodeling in colontumoren leidt tot een verhoogde fosfo-inositolmetabolisme en maligniteit.
Dit onderzoek toont aan dat de stromingsrichting van de xyleemvloeistof leidt tot tegenovergestelde regulatiestrategieën voor de afweging tussen vermenigvuldiging en verspreiding bij de bacteriële plantpathogenen *Xanthomonas campestris* en *Ralstonia solanacearum*, afhankelijk van hun respectievelijke infectieplekken in het blad of de wortel.
Dit onderzoek introduceert een statistisch raamwerk dat, gebaseerd op data van fruitvliegen en muizen, het verouderingsproces als twee fasen beschrijft waarbij de overgang naar de 'Smurf'-toestand gepaard gaat met een exponentieel toenemende overgangssnelheid en een onmiddellijk daaropvolgende periode van extreme sterftekans.
Deze studie gebruikt multi-omics-analyse van menselijke nierbiopsies om te onthullen dat dysregulatie van het complementstelsel, aangedreven door factor D, leidt tot veranderingen in podocyten en pariëtale epitheelcellen die de progressie van focale segmentale glomerulosclerose (FSGS) en fibrose sturen.
De auteurs presenteren een veelzijdige fotolithografische methode met commercieel beschikbare reagentia om oppervlakken binnen verzegelde microfluidische kanalen te patroneren, waardoor diverse cargo's zoals DNA, eiwitten en goudnanodeeltjes op glas en PDMS kunnen worden aangebracht voor toepassingen zoals lokale detectie en genexpressie.
Dit onderzoek gebruikt par-seqFISH om aan te tonen dat de keuze tussen lysis en lysogenie bij bacteriofaag lambda niet alleen wordt bepaald door het gemiddelde celgedrag, maar door de specifieke transcriptieactiviteit van individuele virussen, waarbij een consensus onder alle aanwezige virussen noodzakelijk is voor het tot stand komen van lysogenie.
Onderzoek aan C. elegans toont aan dat microzwaartekracht de zenuwstelsel- en verouderingsprocessen versnelt door verminderde taststimulatie, maar dat het herstel van mechanische prikkels via kleine korrels in het kweekmedium deze negatieve effecten kan tegengaan.
Dit artikel introduceert een geavanceerd cel-trackingalgoritme dat open multi-agent systemen en een uitgebreide Kalman-filter combineert om de dynamiek en interacties van heterogene celpopulaties, zoals osteosarcoma en mesenchymale stromale cellen, nauwkeurig te modelleren en te volgen.
Deze studie toont aan dat orgaanspecifieke proteomische klokken stabiele, dynamische indicatoren zijn van biologische veroudering die subklinische risicofactoren volgen, waarbij de menopauze bij vrouwen en medicatiegebruik specifieke verouderingspatronen beïnvloeden.
Dit onderzoek toont aan dat bij coeliakie enterocyten een nieuwe identiteit aannemen door overlappende morfogene velden en metaplasie, wat leidt tot een verstoorde ruimtelijke organisatie en malabsorptie.
Dit artikel toont aan dat evolutie op ontaarde fitnesslandschappen niet neutraal is, maar door een interactie tussen populatievariatie en landschapskromming een gerichte drift vertoont die voorkeur geeft aan vlakke en robuuste gebieden.
Dit onderzoek onthult dat post-transcriptionele mechanismen, met name mRNA-afbraak en eiwitdegradatie via het proteasoom, de drijvende krachten zijn achter de ontwikkeling van Leishmania, terwijl genomische aanpassing hierbij geen rol speelt.
Dit onderzoek toont aan dat het integreren van realistische driedimensionale celarchitectuur en ruimtelijke heterogeniteit in modellen van het gist-galactosenetwerk de voorspelde regulatiedynamiek aanzienlijk verandert, wat de noodzaak benadrukt om ruimtelijke organisatie in toekomstige whole-cell-modellen op te nemen.